As alterações ambientais decorrentes de atividades humanas devem ser interpretadas, avaliadas e monitoradas quanto aos efeitos ou alterações nos sistemas e processos naturais, de forma a garantir a preservação da qualidade ambiental. A implantação, ampliação e operação de um empreendimento acarreta alterações positivas ou negativas a serem consideradas em estudos ambientais, além de estarem sujeitas a exigências legais.

O IPT avalia e identifica os impactos ambientais negativos na implantação e operação de empreendimentos, auxiliando na prevenção e na manutenção do funcionamento dos ecossistemas, a partir da avaliação do meio biótico. Os estudos nessa área são integrados às avaliações de processos do meio físico.

As equipes multidisciplinares do IPT analisam a viabilidade ambiental de um projeto, além de planejarem e executarem projetos promovendo o uso de tecnologias de menor impacto ambiental em diferentes escalas.

Com o uso de ferramentas de geoprocessamento, análise de imagens de satélite e avaliações em campo, analisa-se a dinâmica da cobertura vegetal na busca de maior eficiência no planejamento de uso do solo, na definição da área de influência do projeto e na mitigação de danos à fauna e à flora.

São também desenvolvidos e aplicados indicadores ambientais para a avaliação de processos e monitoramento do meio biótico em áreas urbanas e em florestas.