O IPT atua no desenvolvimento de pesquisas aplicadas para subsidiar ações estratégicas para a gestão dos recursos hídricos, principalmente em nível estadual. Possui representação em vários Comitês de Bacia Hidrográfica e Câmaras Técnicas e, como Agente Técnico, avalia e acompanha projetos financiados pelo Fundo Estadual de Recursos Hídricos (FEHIDRO).


No âmbito da gestão, desenvolve planos de recursos hídricos para bacias hidrográficas com a finalidade de diagnosticar os setores usuários de água (municipal, agrícola e industrial) e suas demandas, além de identificar as ações e recursos necessários para conservação, recuperação e proteção da água e do ambiente em curto, médio e longo prazo.

O Instituto atua também no desenvolvimento metodológico para proposição de sistema de indicadores ambientais aplicados aos recursos hídricos, que mostrem o estado das águas em cada bacia e apontem ações prioritárias para a sua conservação. Este trabalho auxilia o Sistema Integrado de Gerenciamento de Recursos Hídricos (SIGRH) do Estado (Comitês de Bacias que possuem representação dos órgãos estaduais, das prefeituras municipais e da sociedade civil) e os tomadores de decisão na definição dos investimentos necessários.

Os indicadores propostos subsidiam também a elaboração de Planos de Desenvolvimento e Proteção Ambiental (PDPAs) que atendam à Lei Estadual no 9.866/97, a qual se refere à proteção e recuperação de mananciais e proporciona instrumentos de gestão para garantir o desenvolvimento sustentável das áreas de mananciais, por meio da criação de leis específicas. Os PDPAs têm por objetivo a gestão integrada da bacia hidrográfica (unidade de análise), com a definição e implementação de mecanismos de controle da degradação ambiental visando à proteção dos mananciais superficiais e subterrâneos.